案例描述:一辆安装有安徽省警车免费OBU套装用户的客一类制式警车,卡签正常使用无故障,从安徽安庆北站入口ETC车道正常上道,行驶一段时间后在安徽安庆站出口ETC车道下道(出、入口均为安徽省内站点),系统提示”余额不足”,不能正常通行出口ETC车道。(3)对于免费车辆应免未免收取通行费的,由()负责处理。

这是一道关于公路收费及监控员职业技能的题目，主要考察在特定情况下（如免费车辆被错误收费）的责任归属问题。

首先，我们来理解题目背景：一辆安装有安徽省警车免费OBU套装用户的客一类制式警车，在正常使用且卡签无故障的情况下，从安徽安庆北站ETC车道上道，后在安庆站ETC车道下道时，系统错误地提示“余额不足”，导致不能正常通行。

接下来，我们分析各个选项：

A选项（客户方）：这里的“客户方”指的是使用ETC服务的车辆所有者或驾驶员。在本案例中，警车作为特殊车辆，享有免费通行的权利，且其设备正常使用，因此错误收费的责任不应由客户方承担。
B选项（收费方）：收费方负责ETC车道的收费操作和系统维护。当系统出现错误，导致免费车辆被错误收费时，收费方有责任进行纠正并处理相关费用问题。因此，这个选项是合理的。
C选项（发行方）：发行方主要负责ETC设备和卡片的发行工作，虽然与ETC系统相关，但在此案例中，错误并不在于设备和卡片的发行，而是在于收费系统的操作，因此发行方不应承担责任。
D选项（银行）：银行在此案例中并未直接参与ETC的收费操作或系统维护，因此不应成为责任方。
E选项（收费员）：虽然收费员是ETC车道收费操作的具体执行者，但在此案例中，错误更可能是由系统问题而非人为操作不当引起的。此外，收费员通常没有权限直接处理此类费用问题，因此不应成为责任方。

综上所述，当免费车辆被错误收取通行费时，应由负责ETC车道收费操作和系统维护的收费方（B选项）来负责处理。因此，正确答案是B。