案例描述:某收费站在某月第一周完成CPC卡盘点,CPC卡装满500张/箱时,在封箱的过程中,系统显示只有499张卡,实际卡箱内有500张,无法进行封箱。该收费站检查箱内丢卡日志查询出相应的丢卡卡号,根据卡号查询卡轨迹判断为重复卡,该收费站将此卡做弃卡处理,并登记上交管理处。(1)请问该收费站在CPC卡盘点时有几处错误?()

这道题目考察的是对CPC卡盘点过程中错误识别的能力。首先，我们需要理解CPC卡盘点的基本流程和可能出现的问题。CPC卡是高速公路电子不停车收费系统中的重要组成部分，其盘点和管理对于确保收费系统的正常运行至关重要。

现在，我们来逐一分析题目中的关键信息和各个选项：

问题描述：某收费站在CPC卡盘点时，系统显示卡箱中只有499张卡，但实际卡箱内有500张卡。这直接指出了盘点过程中的一个明显不一致。

错误识别：

第一处错误：系统显示与实际不符。系统显示只有499张卡，但实际有500张，说明系统可能存在计数错误或未正确识别某张卡。
第二处错误：未及时发现并处理系统错误。在发现系统显示与实际不符后，收费站应首先检查系统状态，确认是否为系统错误，而非直接进行后续操作。
第三处错误：将重复卡作为弃卡处理。根据题目描述，该卡被判断为重复卡，但直接做弃卡处理可能不是最佳解决方案。通常，重复卡应进一步调查其来源和原因，以避免未来出现类似问题。此外，如果这张卡是误判为重复，那么直接弃卡将造成资源浪费。

选项分析：

A. 1：只考虑到了系统显示与实际不符这一处错误，忽略了其他潜在问题。
B. 2：可能考虑到了系统显示错误和未及时处理系统错误，但忽略了重复卡处理的问题。
C. 3：正确识别了系统显示错误、未及时处理系统错误以及重复卡处理不当这三处错误。
D. 4 和 E. 5：均超出了题目描述中实际存在的错误数量。

综上所述，该收费站在CPC卡盘点时存在三处错误，因此正确答案是C。这要求我们在进行类似操作时，不仅要关注表面的不一致，还要深入分析问题的根源，并采取恰当的应对措施。