根据《收费公路管理条例》对收费站的设置不符合标准或者擅自变更收费站位置的,道口设置不符合车辆行驶安全要求或者道口数量不符合车辆快速通过需要的;()依据职权,责令改正,并根据情节轻重,处5万元以上20万元以下万元以下的罚款。

本题考察的是对《收费公路管理条例》中关于收费站设置违规处罚规定的理解。

首先，我们分析题目中的关键信息：收费站设置不符合标准或擅自变更位置，道口设置不符合安全要求或数量不足，这些都是违规行为。题目询问的是哪个机构有权依据职权责令改正，并处以罚款。

接下来，我们逐一分析选项：
A. 省人民政府交通主管部门：虽然省人民政府交通主管部门在交通领域有重要职责，但根据《收费公路管理条例》的相关规定，它并不是直接负责此类违规行为的处罚机构。

B. 国务院交通主管部门：根据《收费公路管理条例》第五十条规定，“违反本条例的规定，有下列情形之一的，由国务院交通主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府交通主管部门依据职权，责令改正，并根据情节轻重，处5万元以上20万元以下的罚款……”。其中明确提到了国务院交通主管部门有权依据职权进行处罚，因此B选项正确。

C. 省、自治区、直辖市人民政府交通行政主管部门：虽然这一选项的表述与条例中的“省、自治区、直辖市人民政府交通主管部门”相近，但通常我们会选择更精确、与原文一致的表述，且C选项未提及国务院交通主管部门，而B选项已包含，因此C选项不是最优选。

D. 省、自治区、直辖市人民政府交通主管部门：同样根据《收费公路管理条例》第五十条，省、自治区、直辖市人民政府交通主管部门也有权依据职权进行处罚。因此，D选项正确。

综上所述，B和D选项均符合《收费公路管理条例》中关于收费站设置违规处罚的规定。而由于A选项的权限不足，C选项表述不够精确，因此最终答案选择B和D。

答案：BD。