因()原因造成通行费损失的应按通行费稽核相关流程补收通行费。

选项解析：

A. 收费员：收费员是执行收费任务的人员，虽然收费员的工作失误可能导致通行费损失，但收费员本身不是造成通行费损失的原因。

B. 客户：客户指的是使用收费公路的司机或车主。若因客户逃费、作弊或其他违规行为导致通行费损失，则客户是直接造成通行费损失的原因。

C. 收费站：收费站是收费的地点，是执行收费政策的场所，本身不会直接造成通行费损失。

D. 收费公路经营管理单位：这是负责收费公路运营管理的单位，其职责是确保收费系统正常运行，制定和执行收费政策。虽然管理不善可能间接导致通行费损失，但单位本身不是直接原因。

为什么选B：

选择B是因为客户是直接与收费行为相关的一方。如果客户未按规定缴纳通行费，无论是故意逃费还是过失漏费，都是导致通行费损失的直接原因。因此，按照通行费稽核相关流程，应由客户补收通行费。其他选项所指的对象都不是直接造成通行费损失的原因，所以不符合题意。