深基坑工程是指( )。

本题考察的是深基坑工程的定义。

选项A，开挖深度超过5m（含5m）的基坑工程：这是深基坑工程定义中的一个直接且关键的条件。根据相关规定，开挖深度达到或超过5m的基坑即被视为深基坑工程，因此A选项正确。

选项B，地下水位较高的基坑工程：虽然地下水位的高低会影响基坑工程的难度和安全性，但它并不是定义深基坑工程的直接条件。深基坑的定义主要基于开挖深度，而非地下水位，所以B选项错误。

选项C，深度虽未超过5m（含5m），但地质条件和周围环境及地下管线极其复杂的基坑工程：这个选项补充了除开挖深度外的其他复杂因素，这些因素也可能使得基坑工程被视为深基坑工程。当基坑的深度虽未达到5m，但其地质条件、周围环境或地下管线的复杂性达到一定程度时，同样需要采取深基坑工程的相关技术和措施，因此C选项正确。

选项D，两层地下室的工程：这个选项并未直接关联到基坑的开挖深度或复杂性，仅描述了地下室的层数。两层地下室并不意味着基坑的开挖深度就一定达到或超过5m，因此不能作为判断深基坑工程的直接依据，D选项错误。

综上所述，正确答案是A和C。