列车运行采用 行车，红山站至杨湾站方向为 ，反之为 。

1号线的运营管理及行车组织，以为乘客提供“安全、准点、便捷、舒适”的服务为目标。

1号线在解放路站设有与2号线的联络线，1、2 号线的联络线不视为区间，以分界信号 机X0910/S0605为界。

1号线红山车辆段与出、入段线分别以信号机XJD1和XJD3为界；瀍东停车场与出、入 场线分别以信号机SJC2和SJC4为界。

一级指挥负责线路控制层，包括行调、电调、环调、维调、场调等，行调负责行车工作的统一指挥。

首、末班车须严格按照《列车运行图》规定的时间运营，无特殊情况均不得早发、晚发及跳停。

城市轨道交通基本行车组织方法包括自动闭塞法和人工闭塞法。

当系统联动、PSL、IBP盘均无法开启站台门时，采取就地每节车厢对应开启一对滑动门（原则上每隔2扇打开1扇）的方式组织上下客。

对于地面及高架线路，风力波及区段风力达6级时列车运行速度不应超过60km/h，风力达7级时列车运行速度不应超过25km/h，风力达8级及以上时应停运。

列车上发生不明原因的群体性晕倒事件时，列车司机应立即报告行调，并尽量维持列车运行至 前方车站，如不能维持进站，立即执行区间疏散程序。

工程车必须在次日运营开行的第一列车出段时间前60分钟返回至车辆段/停车场。