国家安全机关在侦破某涉嫌危害国家安全犯罪案件中，对某单位员工采取强制措施时，该单位可以该人员系商业秘密知情人员为由拒绝协助配合。

**解析：** 该说法是**错误**的。 根据《中华人民共和国国家安全法》及《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，维护国家安全是每个公民和组织的法定义务。 1. **法定配合义务**：《中华人民共和国国家安全法》第七十七条明确规定，公民和组织应当履行下列维护国家安全的义务：……（三）如实提供所知悉的涉及危害国家安全活动的证据；（四）为国家安全工作提供便利条件或者其他协助；（五）向国家安全机关、公安机关和有关军事机关提供必要的支持和协助。 2. **不得拒绝阻碍**：任何个人和组织都不得有危害国家安全的行为，不得向危害国家安全的个人或者组织提供任何资助或者协助。同时，在国家安全机关依法执行任务时，有关组织和公民必须予以配合，不得以内部规定、商业秘密、个人隐私等为由拒绝或阻碍执法。 3. **法律优先原则**：虽然企业有保护商业秘密的权利，但在涉及国家安全犯罪的刑事侦查中，国家安全和司法调查权具有更高的法律位阶。单位应当依法配合国家安全机关的工作，如果担心商业秘密泄露，可以要求国家安全机关及其工作人员对知悉的商业秘密予以保密（《国家安全法》第八十三条规定：国家安全机关及其工作人员在工作中，应当严格依法办事，不得超越职权、滥用职权，不得侵犯个人和组织的合法权益。国家安全机关及其工作人员依法履行职责时，应当出示相应证件，严格依照法定程序进行。对于知悉的国家秘密、商业秘密和个人隐私，应当予以保密），但不能以此为由拒绝协助配合采取强制措施。 因此，该单位以员工系商业秘密知情人员为由拒绝协助配合国家安全机关执法的行为违反了法律规定。