企业食品安全管理人员监督抽查考核指南由国务院食品安全监督管理部门（ ）、公布。

这道题目考察的是对食品安全管理相关法规和流程的理解。我们来逐一解析每个选项： A. 起草：起草是指初步撰写或拟定文件的过程，但并不意味着最终确定或正式发布。在政府机构中，通常会有专门的部门或者团队负责起草文件，但这只是整个过程中的一个步骤，并不是最终决定。 B. 制定：制定则包含了从起草到审核再到最终批准发布的全过程，它表示该文件已经经过了所有必要的程序并被正式确立下来。对于企业食品安全管理人员监督抽查考核指南这样的重要文件来说，由国务院食品安全监督管理部门“制定”是最准确的说法，因为它不仅包括了内容的编写，还包括了审查、修改直至最后的确认与公布。 C. 审核：审核是针对已有的草案进行检查和评估的过程，目的是确保其符合法律法规要求以及实际操作需要。虽然审核也是制定过程中不可或缺的一部分，但它并不能单独代表整个文件产生的全部工作。 D. 通知：通知一般用于传达信息给相关人员或单位，比如告知某项政策的变化等。在这里显然不符合题意，因为题目问的是关于指南本身的产生方式而非如何将其内容告知他人。 综上所述，正确答案为B（制定），因为只有这个选项能够全面准确地描述国务院食品安全监督管理部门在整个指南形成过程中所扮演的角色——从最初的构思到最后的发布都包含在内。