保健食品原料目录和允许保健食品声称的保健功能目录，由（）制定、调整并公布。

这道题目考察的是对我国保健食品管理相关法律法规的理解。根据《中华人民共和国食品安全法》及其实施条例的规定，保健食品原料目录和允许保健食品声称的保健功能目录是由特定部门共同负责制定、调整并公布的。 - **选项A**：国务院食品安全监督管理部门（主要指国家市场监督管理总局）会同国务院卫生行政部门（如国家卫生健康委员会）、国家中医药管理部门（如国家中医药管理局）。这是正确答案，因为这三个部门分别从食品安全监管、公共卫生以及传统医药的角度出发，共同参与保健食品原料及功能声称目录的制定与调整工作。 - **选项B**：虽然提到了国务院卫生行政部门和食品安全监督管理部门，但加入了农业农村部门而非国家中医药管理部门。在实际操作中，虽然农业部门对于初级农产品的质量安全有着重要影响，但在保健食品的具体标准制定上并不直接参与。 - **选项C**：这里将国家中医药管理部门放在了首位，并且没有提到食品安全监督管理部门。实际上，在保健食品管理方面，尽管中医药知识非常重要，但最终还是需要通过食品安全监管部门来执行具体的监管措施。 - **选项D**：此选项包含了食品安全监督管理部门和卫生行政部门，但是用农业农村部门代替了国家中医药管理部门。正如前面所说，虽然农业领域对于原材料的安全性有直接影响，但它并不是直接参与到保健食品具体标准制定过程中的主体之一。 综上所述，正确答案是**A**，即由国务院食品安全监督管理部门会同国务院卫生行政部门、国家中医药管理部门共同负责保健食品原料目录和允许保健食品声称的保健功能目录的制定、调整并公布。这样的安排能够确保从多个专业角度综合考量，保障公众健康的同时促进健康产业的发展。