《关于“三新食品”目录及适用的食品安全标准的公告》（2023年 第4号）规定由（）部门发布。

这道题目考察的是对我国食品安全管理相关法规和部门职责的理解。我们来逐一分析每个选项： A. 国家卫生健康委员会：这是正确答案。国家卫生健康委员会负责制定与健康相关的政策、标准等，包括食品中的新资源食品（即“三新食品”）的安全性评估及标准制定工作。它会根据最新的科学研究成果和技术发展情况，定期更新并发布关于“三新食品”的目录及其适用的食品安全标准。 B. 国家市场监督管理总局：虽然该机构也参与到了食品安全监管工作中，比如负责食品生产、流通环节的质量安全监督检查等，但它并不直接负责“三新食品”目录及相应标准的发布。 C. 农业农村部：主要职责是农业生产和农村经济发展方面的管理工作，虽然涉及到农产品质量安全问题，但不专门针对加工后的食品或新型食品原料进行管理和标准设定。 D. 国家标准化管理委员会：这是一个负责全国标准化工作的组织，它可能会参与到某些具体食品安全国家标准的制定过程中，但是关于“三新食品”的特定规定还是由国家卫生健康委员会来发布的。 因此，根据上述分析，《关于“三新食品”目录及适用的食品安全标准的公告》是由国家卫生健康委员会发布的，所以正确答案为A选项。