食品生产经营企业如需使用现在允许之外的食品、食品添加剂、食品相关产品新品种或新范围等，需向（）部门提交“三新食品”的注册和审批材料，审批通过后方可按规定使用。

这道题目考察的是食品生产经营企业在使用新的食品、食品添加剂或食品相关产品时，需要向哪个部门提交注册和审批材料。我们来逐一分析每个选项： A. 国务院卫生行政部门：根据《食品安全法》的规定，对于新食品原料（即“三新食品”中的“新食品”）、食品添加剂新品种以及食品相关产品新品种的管理，是由国务院卫生行政部门负责的。因此，如果企业想要使用这些新产品或者扩大现有产品的使用范围，必须先向国务院卫生行政部门申请，并获得批准后才能正式投入使用。 B. 市场监督管理部门：虽然市场监督管理部门在食品安全监管方面扮演着重要角色，比如负责日常监督检查、处理消费者投诉等事务，但它并不直接负责“三新食品”的审批工作。 C. 农业行政部门：农业行政部门主要关注农业生产环节的安全问题，例如农药残留控制、转基因作物管理等，与“三新食品”的审批无关。 D. 生态环境部门：生态环境部门的主要职责是保护自然环境，防止污染，促进可持续发展等方面的工作，它不涉及食品及其添加剂的具体审批流程。 综上所述，正确答案为A. 国务院卫生行政部门。这是因为按照我国现行法律法规的要求，“三新食品”的安全性评估及最终是否可以被允许进入市场的决定权在于国务院卫生行政部门手中。例如，当一家公司开发了一种新型甜味剂并希望将其应用于饮料生产中时，该公司就需要首先向国务院卫生行政部门提交该甜味剂的相关资料进行审查，只有经过严格的安全性评价并通过审批之后，这种新型甜味剂才能够合法地在市场上销售和使用。