保健食品原料目录和允许保健食品声称的保健功能目录，由（）制定、调整并公布。

这道题目考察的是对我国保健食品管理相关法规的理解。根据《中华人民共和国食品安全法》及其实施条例的规定，保健食品原料目录和允许保健食品声称的保健功能目录是由特定部门共同负责制定、调整并公布的。 - **选项A**：国务院食品安全监督管理部门（主要指国家市场监督管理总局）会同国务院卫生行政部门（如国家卫生健康委员会）、国家中医药管理部门（如国家中医药管理局）。这是正确答案，因为这三个部门分别从食品安全监管、公共卫生以及传统医药的角度出发，能够全面考虑保健食品的安全性、有效性和科学性。 - **选项B**：虽然提到了国务院卫生行政部门与食品安全监督管理部门，但加入了农业农村部门而非国家中医药管理部门。在保健食品管理中，虽然农业部门对于原材料的质量控制有一定作用，但它并不是直接参与保健食品功能目录制定的主要机构之一。 - **选项C**：这里将国家中医药管理部门放在了首位，并且没有提到农业农村部门。虽然中医药知识对于某些类型保健食品非常重要，但在整体框架下，它更多是作为辅助角色参与到由食品安全监督和卫生行政主导的过程中去。 - **选项D**：此选项包含了食品安全监督管理部门和卫生行政部门，但是用农业农村部门代替了国家中医药管理部门。正如前面所说，尽管农产品质量直接影响到最终产品的安全性，但这并不意味着该部门会直接参与到保健食品功能声明的具体制定工作中来。 综上所述，正确答案为A，即“国务院食品安全监督管理部门会同国务院卫生行政部门、国家中医药管理部门”共同负责保健食品原料目录及可宣称功能目录的制定与更新工作。这样的安排确保了从不同专业角度出发，综合考量保健食品的安全性和有效性。