.陈某，15周岁，初中二年级学生，关于对其不良行为的预防，下列做法正确的是()

本题考察的是对未成年人不良行为预防的相关法律规定。

选项A，根据《预防未成年人犯罪法》第十五条：“未成年人的父母或者其他监护人和学校应当教育未成年人不得吸烟、酗酒。任何经营场所不得向未成年人出售烟酒。”学校周边的超市拒绝向陈某（15周岁，未成年）出售啤酒，是符合法律规定的预防未成年人不良行为的做法，故A选项正确。

选项B，同样依据《预防未成年人犯罪法》第十九条：“未成年人的父母或者其他监护人，不得让不满十六周岁的未成年人脱离监护单独居住。”陈某年仅15周岁，其父母允许其在学校附近租房单独居住，违反了法律规定，因此B选项错误。

选项C，根据《预防未成年人犯罪法》第十六条：“中小学生旷课的，学校应当及时与其父母或者其他监护人取得联系。未成年人擅自外出夜不归宿的，其父母或者其他监护人、其所在的寄宿制学校应当及时查找，或者向公安机关请求帮助。”学校在发现陈某旷课后，应当及时与其父母取得联系，而不是等到48小时后。因此，C选项中的做法不符合法律规定，错误。

选项D，依据《预防未成年人犯罪法》第十六条，未成年人夜不归宿的，收留者应当告知其父母或其他监护人。江某收留夜不归宿的陈某时，未告知其父母，违反了法律规定，故D选项错误。

综上所述，正确答案是A。