《公安机关办理行政案件程序规定》规定，发生在港航系统的轮船上、港口、码头工作区域内的行政案件由（）公安机关负责管辖。

这是一道关于《公安机关办理行政案件程序规定》的题目，需要准确理解该规定中关于特定区域内行政案件管辖权的条款。

首先，我们分析题目并罗列出重要信息：

题目询问的是在港航系统的轮船上、港口、码头工作区域内的行政案件应由哪个公安机关负责管辖。

接下来，我们逐个分析选项：
A项（当地）：这个选项较为宽泛，没有明确指出是哪一类公安机关。在特定行业或区域内，往往有专门的公安机关负责管辖，因此“当地”公安机关可能不是最直接或最准确的答案。

B项（交通）：虽然港航系统与交通紧密相关，但在此语境下，“交通”公安机关并不特指负责港航系统内部行政案件的管辖。交通公安机关可能涉及更广泛的交通领域，而不仅仅是港航系统。

C项（港航）：这个选项直接对应了题目中的“港航系统”，根据《公安机关办理行政案件程序规定》，发生在港航系统特定区域内的行政案件，应由港航公安机关负责管辖。这既符合题目描述，也符合相关法律规定。

D项（铁路）：这个选项与题目描述的港航系统无直接关联。铁路公安机关主要负责铁路系统内的行政案件管辖，与港航系统不同。

综上所述，根据《公安机关办理行政案件程序规定》的相关规定，以及题目中对行政案件发生区域的明确描述，我们可以确定港航系统的轮船上、港口、码头工作区域内的行政案件应由港航公安机关负责管辖。

因此，答案是C项（港航）。