行政案件有下列哪种情形的，应当予以结案？（）

本题考察的是行政案件结案的情形。
选项A，根据《公安机关办理行政案件程序规定》第一百七十八条第一款：“对于因民间纠纷引起的殴打他人、故意伤害、侮辱、诽谤、诬告陷害、故意损毁财物、干扰他人正常生活、侵犯隐私、非法侵入住宅等违反治安管理行为，情节较轻，且具有下列情形之一的，可以调解处理：（一）亲友、邻里、同事、在校学生之间因琐事发生纠纷引起的；（二）行为人的侵害行为系由被侵害人事前的过错行为引起的；（三）其他适用调解处理更易化解矛盾的。对不构成违反治安管理行为的民间纠纷，应当告知当事人向人民法院或者人民调解组织申请处理”。第二款规定：“对调解未达成协议或者达成协议后不履行的，公安机关应当依照本规定的程序规定对违反治安管理行为人给予处罚，并告知当事人可以就民事争议依法向人民法院提起民事诉讼”。据此，适用调解程序的案件达成协议后，公安机关还需制作调解协议书，并非直接结案，故A选项“适用调解程序的案件达成协议的”不属于应当予以结案的情形。
选项B，根据《公安机关办理行政案件程序规定》第二百三十四条第一款：“行政案件具有下列情形之一的，应当予以结案：（一）作出不予行政处罚决定的；（二）适用调解程序的案件达成协议并已履行的；（三）作出行政处罚等处理决定，且已执行的；（四）违法行为涉嫌构成犯罪，转为刑事案件办理的；（五）作出处理决定后，因执行对象灭失、死亡等客观原因导致无法执行或者无需执行的”。由此可知，作出行政处罚等处理决定后，还需执行完毕，案件才能结案，故B选项“作出行政处罚等处理决定的”不属于应当予以结案的情形。
选项C，根据《公安机关办理行政案件程序规定》第二百三十四条第一款第一项：“行政案件具有下列情形之一的，应当予以结案：（一）作出不予行政处罚决定的；（二）适用调解程序的案件达成协议并已履行的；（三）作出行政处罚等处理决定，且已执行的；（四）违法行为涉嫌构成犯罪，转为刑事案件办理的；（五）作出处理决定后，因执行对象灭失、死亡等客观原因导致无法执行或者无需执行的”。因此，C选项“作出不予处罚决定的”属于应当予以结案的情形。
选项D，根据《公安机关办理行政案件程序规定》第二百一十九条：“违法事实不能成立的，作出不予行政处罚决定”。同时，该规定第二百三十四条第一款第五项也指出，因执行对象灭失、死亡等客观原因导致无法执行或者无需执行的，案件应予以结案。但违法行为已过追究时效，并不直接导致案件无法执行或无需执行，且如果违法行为成立，公安机关仍需依法作出相应处理决定。因此，D选项“违法行为已过追究时效的”不属于应当予以结案的情形。