（ ）负责飞行区违规处理。

本题考察的是机场管理中各部门的具体职责。

选项A，飞行区管理部：这个部门主要负责飞行区的日常管理和维护工作，包括跑道、滑行道、停机坪等区域的清洁、维护、检查以及违规行为的处理。飞行区是飞机起降和地面活动的关键区域，任何违规行为都可能对飞行安全构成威胁，因此飞行区管理部有责任对违规行为进行及时、有效的处理。故A选项正确。

选项B，运行管理委员会：这个机构通常负责机场的整体运行管理和协调，包括航班调度、地面服务、安全监管等多个方面。但它并不直接负责飞行区的违规处理，而是从宏观层面进行管理和协调。因此，B选项不正确。

选项C，机务工程部：这个部门主要负责飞机的维修、保养和适航性管理等工作，与飞行区的违规处理无直接关联。机务工程部的工作重点是确保飞机的技术状态良好，符合飞行要求。故C选项不正确。

选项D，民航公安局：虽然民航公安局负责机场的治安管理和安全保卫工作，但它并不直接处理飞行区的违规行为。飞行区的违规处理更多是由机场内部的管理部门，如飞行区管理部来负责。民航公安局则主要负责打击犯罪、维护治安秩序等工作。因此，D选项不正确。

综上所述，正确答案是A，即飞行区管理部负责飞行区违规处理。