水利水电工程发生特别重大事故，对发生事故负有责任的单位处（）罚款。

解析这类题目时，需要参考相关的法律法规，特别是关于安全生产事故责任追究的规定。在中国，《生产安全事故报告和调查处理条例》等法规中通常会明确规定不同等级事故的处罚标准。

题目问的是在水利水电工程中发生特别重大事故时，对负有责任单位的罚款额度。选项分析如下：

A选项（100 万元以上 200 万元以下）：这个范围通常适用于较大或重大事故的罚款，而非特别重大事故。
B选项（200 万元以上 300 万元以下）：这个范围也不符合特别重大事故的责任单位的罚款标准。
C选项（200 万元以上 500 万元以下）：根据现行法规，对于特别重大事故的责任单位，此罚款区间可能是正确的。
D选项（300 万元以上 500 万元以下）：虽然此区间也在较高范围内，但是法规具体规定的数字可能更倾向于包含更低一点的起点，即从200万起。

根据《中华人民共和国安全生产法》及相关法规，在发生特别重大生产安全事故时，对负有责任的生产经营单位的罚款额度确实是在200万元以上至500万元以下这个范围内。因此，正确答案是C选项。

需要注意的是，实际应用中应查阅最新的法律法规来获取最准确的信息。