《水法》规定：禁止围垦河流，确需围垦的，必须经过科学论证，并经（）批准。

选项解析：

A. 县级人民政府：县级人民政府的行政级别较低，对于围垦河流这样重大的事项，其审批权限不足以覆盖所需的科学论证和综合考量。

B. 县级人民政府水行政主管部门：同样，县级水行政主管部门的权限也相对有限，不具备审批此类重大事项的资格。

C. 省级以上人民政府：根据《水法》的相关规定，围垦河流属于影响较大的活动，需要由省级以上人民政府进行审批。这个级别的政府有权进行必要的科学论证，并从更高的角度考虑地区乃至流域的长期利益。

D. 省级以上人民政府水行政主管部门：虽然省级水行政主管部门在专业领域有较高的权威，但是围垦河流的决策涉及众多方面，不仅仅是水利技术问题，还包括环境保护、区域经济、社会稳定等，因此单纯的行政主管部门不具备全面的审批权限。

为什么选择C：

选择C是因为根据《水法》的规定，围垦河流属于对水资源有重大影响的活动，需要严格的审批程序。《水法》明确指出必须经过科学论证，并且由省级以上人民政府批准。这一规定确保了围垦活动的科学性和严肃性，防止了地方利益对水资源的不当开发和利用，从而保护了水资源和水环境。因此，正确答案是C。