使用供水工程供应的水，应当按照规定向（）缴纳水费。

解析这道题目的时候，首先要明确供水工程的运营机制。一般来说，供水工程是由具体的运营单位负责日常管理和维护，这些单位通常被称为供水单位。使用供水工程提供的水资源，用户需要向实际提供服务的单位支付费用，以保证供水设施的正常运行和维护。

选项分析：

A. 水行政主管部门：水行政主管部门主要负责行业政策制定、监督指导等宏观管理职能，并不直接收取水费。
B. 有管辖权的人民政府：人民政府是综合性的行政机关，虽然它可能在政策上指导水费收取工作，但并不是直接收取水费的机构。
C. 供水单位：供水单位是指具体负责建设和管理供水设施，并向用户提供用水服务的企业或组织，因此，水费应当交给直接提供服务的供水单位。
D. 环境保护部门：环境保护部门主要职责是保护环境，防止污染，与直接提供供水服务和收取水费无关。

因此，正确答案是 C. 供水单位。这是因为供水单位是实际为用户提供供水服务的一方，收取水费是为了确保供水系统的持续运作和维护。