对河道范围内阻碍行洪的障碍物，按照谁设障、谁清除的原则，由（）责令限期清除。

选项解析：

A. 市级水行政管理部门：市级水行政管理部门通常负责本行政区域内的水资源管理、水利工程管理等水利行政工作，但具体到责令清除河道障碍物的责任，通常由更专门的机构来执行。

B. 县级水行政管理部门：与市级相似，县级水行政管理部门负责本县行政区域内的水利行政工作，但同样，这并非其直接职责范围。

C. 航道管理机构：航道管理机构主要负责航道的管理和维护，虽然与河道行洪有一定的关联，但其主要职责在于保障航道的畅通，而非直接处理行洪障碍物。

D. 防汛防台抗旱指挥机构：这个机构负责指挥和协调防汛、防台、抗旱工作，对于河道行洪安全具有直接的责任和权威。河道行洪障碍物的清除是确保河道畅通，避免洪水灾害的重要措施，因此由防汛防台抗旱指挥机构负责责令清除是合理的。

为什么选择D： 根据《中华人民共和国河道管理条例》及相关法律法规，对于河道范围内阻碍行洪的障碍物，应由具有防汛指挥职责的机构来责令清除。防汛防台抗旱指挥机构是专门负责防汛工作的部门，对于行洪安全具有直接的责任，因此由其责令清除河道障碍物是正确的选择。此外，这个机构通常具有较高的权威和协调能力，能够有效调度相关资源和力量，确保行洪障碍物得到及时清除。