县（市、区）水行政主管部门应当做好水功能区不同河段水质状况的监测，并按照（）和（），向环境保护行政主管部门提出该水域的限制排污总量意见。

这道题考查的是关于水功能区管理中水质监测及限制排污总量的意见提出依据。

题目提到县（市、区）级水行政主管部门需要根据某些标准来监测水质状况，并据此提出限制排污总量的意见给环境保护部门。现在我们来看一下各个选项的含义：

A. 水（环境）功能区水质要求、水体污染承受能力

这里提到的是水体可以承受的最大污染负荷，但没有考虑到水体自身的净化过程。

B. 水（环境）功能区水质要求、水体自然净化能力

这个选项综合考虑了水质要求以及水体本身的自然净化能力，是更为科学合理的依据。

C. 水（环境）功能区排放要求、水体污染承受能力

这里提到了排放要求而非水质要求，虽然也有涉及污染承受能力，但是不如选项B全面。

D. 水（环境）功能区排放要求、水体自然净化能力

虽然也提到了自然净化能力，但是使用了“排放要求”，而不是“水质要求”。

正确答案为B，因为：

在制定限制排污总量时，不仅要考虑水质的要求（即水体应该达到的清洁程度），还要考虑水体自身的自然净化能力，也就是水体能够通过自身物理、化学与生物过程去除污染物的能力。这样的综合考量可以更有效地保护水资源，确保水质达标的同时，合理利用水体的自净能力，避免过度排放导致环境污染。