县（市、区）水行政主管部门应当根据堤防、护岸的保护要求,会同（）管理机构设立限制航速的标志。

选项解析：

A. 航道、海事：航道管理机构负责航道的管理和维护，确保航道的畅通和安全；海事管理机构负责水上交通安全管理，包括船舶的航行安全。这两个部门都与限制航速相关，因为它们都涉及到水上交通的安全管理。

B. 河道、海事：河道管理机构主要负责河道管理和维护，虽然与堤防、护岸的保护要求相关，但并不直接管理航速问题；海事管理如前所述，与航速管理相关。

C. 航道、水域：航道管理机构与航速管理直接相关，但水域是一个较为宽泛的概念，不特指某个管理机构，因此这个选项不够准确。

D. 河道、水域：同样，河道管理机构与堤防、护岸的保护相关，但水域概念过于宽泛，不具体指向负责航速管理的机构。

为什么选择A： 选择A是因为航道和海事管理机构共同负责航行安全，包括航速的限制。堤防和护岸的保护要求需要限制航速来减少船只有可能造成的水波冲击，因此需要与航道和海事管理机构合作设立限制航速的标志。选项A中的两个部门都直接涉及到航速的管理，是最合适的选择。