《山东省取水许可管理办法》规定：（）负责全省取水许可制度的组织实施和监督管理。

选项解析：

A. 省水行政主管部门：通常情况下，水行政主管部门负责水资源管理、水利工程建设管理等具体水利业务，但在实施取水许可制度这类需要跨部门协调和政策执行的领域，可能不是最高决策层级。

B. 省政府：作为省级政府机构，省政府具有制定地方性法规、规章和政策的权力，并且负责监督和协调省级行政区域内的各项行政管理工作。取水许可制度作为一项涉及多个部门、对地方经济社会发展有重大影响的行政管理制度，由省政府负责组织实施和监督管理是合适的。

C. 省人大：省人大主要负责制定和修改地方性法规，并不直接参与行政管理的具体实施和监督工作，因此不适宜负责取水许可制度的组织实施和监督管理。

D. 省发改：省发展和改革委员会主要负责宏观经济管理、投资项目管理等，虽然与水资源利用有一定的关联，但并不直接负责水资源管理，因此不是取水许可制度实施和监督管理的最佳选择。

选择答案B的理由： 根据《山东省取水许可管理办法》的规定，取水许可制度是一项涉及行政管理、资源保护和经济社会发展等多方面的综合性工作，需要由具备足够行政权力和跨部门协调能力的机构来负责。省政府作为省级行政区域的最高行政机关，具备这样的条件和能力，因此选项B是正确的。此外，根据中国的行政体制，地方性行政法规和规章通常由地方政府负责组织实施，这也支持了选项B的正确性。