国家所有的水工程，应当按照经批准的设计，由（）依照国家规定，划定管理和保护范围。

根据我国《水法》的规定，对于国家所有的水工程，其管理和保护范围的划定是由县级以上人民政府按照经批准的设计方案来进行的。因此正确答案是（A）县级以上人民政府。

选项分析如下：

（A）县级以上人民政府：这是正确的选项，因为根据法律法规，这类划定工作通常由地方政府负责执行，确保水工程的管理与保护符合地方实际情况。
（B）省级以上人民政府：虽然省级政府在水利事务中有重要的决策和监督作用，但是具体到管理和保护范围的划定，则是更下一级的地方政府职责。
（C）县级水行政主管部门：虽然水行政主管部门在水利工程管理中起到重要作用，但是管理和保护范围的正式划定通常需要更高层级的政府批准，即至少是县级以上的人民政府。
（D）省级水行政主管部门：省级水行政主管部门主要负责全省范围内的水资源规划、管理及监督等高层次的工作，具体的工程管理和保护范围划定一般不由省级部门直接执行。

因此，正确答案为（A）。