我国《建设项目水资源论证管理办法》由（）负责解释。

解析：
《建设项目水资源论证管理办法》是针对建设项目的水资源利用进行规范的一个管理办法。根据我国法律法规的规定，此类涉及水资源管理的规章通常是由水利部制定并负责解释。水利部作为国家层面的水行政主管部门，负责全国水资源的统一管理和监督工作，因此它有权对相关管理办法进行解释。

选项分析如下：
A. 水利部：作为国家级的水资源管理部门，拥有最高的解释权。
B. 流域管理机构：虽然流域管理机构也参与水资源的管理，但是它们的工作更多是在执行层面，并不是规章的最终解释者。
C. 建设部门：主要负责建设工程的规划与实施，一般不涉及水资源管理办法的解释。
D. 省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门：这些部门在地方上执行水资源管理政策，但国家级别的管理办法通常不由地方部门来解释。

所以正确答案是A. 水利部。