单元工程的检查验收，施工单位应按“三检制”要求进行自检，在自检合格的基础上，由（）进行终检。

这道题目考察的是水利工程中单元工程检查验收的流程及责任主体。

解析各个选项：

A. 监理单位：在水利工程中，监理单位负责监督施工单位的施工质量，确保工程按照设计要求和技术规范进行。在单元工程检查验收中，施工单位完成自检后，监理单位会进行终检，以确保工程质量。这是监理单位在工程建设中的重要职责之一。

B. 项目法人：项目法人在水利工程中主要负责项目的整体管理和协调，通常不直接参与单元工程的日常检查和验收工作。他们的职责更侧重于项目的宏观管理和决策。

C. 质量监督机构：质量监督机构主要负责对水利工程的质量进行抽查和监督，而不是直接参与每个单元工程的终检。他们的工作重点在于对整个工程的质量进行宏观把控和评估。

D. 水行政主管部门：水行政主管部门是水利工程的政府管理部门，负责制定相关政策、法规和标准，并对水利工程建设进行监管。他们通常不直接参与单元工程的检查验收工作。

综上所述，根据水利工程中单元工程检查验收的常规流程，施工单位在完成自检后，应由监理单位进行终检。因此，正确答案是A（监理单位）。