采用人工开挖土方当临近设计高程时，应留出（）的保护层暂不开挖，等上部结构施工时，再予挖除。

这是一道关于水利工程土方开挖的技术细节问题。在水利工程的土方开挖过程中，特别是当开挖接近设计高程时，为了避免对底部土层的过度扰动，同时保证后续施工（如上部结构施工）的顺利进行，通常会保留一定厚度的土层作为保护层，待后续施工需要时再进行挖除。

现在我们来分析各个选项：

A. （A） 0.1～0.2m：这个厚度可能过薄，不足以有效保护底部土层免受上部施工活动的扰动。

B. （B） 0.2～0.3m：这个厚度适中，既能保护底部土层，又便于后续施工时的挖除，是常见的保护层厚度范围。

C. （C） 0.3～0.4m：虽然这个厚度也能提供一定的保护，但相对于常见的保护层厚度，它可能略显过厚，增加了后续挖除的工作量。

D. （D） 0.4～0.5m：这个厚度明显过厚，不仅增加了挖除的工作量，还可能对施工进度造成不必要的延误。

综上所述，考虑到保护效果与施工效率的平衡，以及水利工程中的常规做法，（B） 0.2～0.3m 是最合适的保护层厚度。因此，答案是B。这个厚度既能有效地保护底部土层，又便于在后续施工中轻松挖除，确保工程的顺利进行。