渠道的输水损失包括以下四个部分（）。

这个问题考察的是对渠道输水损失组成部分的理解。我们可以逐一分析每个选项来确定正确答案。

A选项：（A）干渠、支渠、斗渠及农渠等四级渠道的水量损失

这个选项描述了渠道的级别，但并未具体说明这些渠道中的水量是如何损失的。渠道的级别只是输水系统的一部分，而非损失的具体形式，因此A选项不正确。

B选项：（B）渠床土质、地下水埋深、渠道的工作制度及输水时间

这个选项列出了影响渠道输水效率的几个因素，如渠床土质、地下水埋深等，但它们并不直接等同于输水损失。这些因素可能会影响损失的大小，但它们本身不是损失的类型，所以B选项不正确。

C选项：（C）自由渗流、顶托渗流、渠床土质、与渠道的工作制度等

类似B选项，这个选项也混合了影响因素和损失类型。自由渗流和顶托渗流是具体的损失类型，但渠床土质和渠道的工作制度则是影响因素，不是损失本身。因此，C选项也不正确。

D选项：（D）渠道水面蒸发损失、渠床渗漏损失、闸门漏水与渠道退水等

这个选项明确列出了渠道输水过程中的几种主要损失类型：水面蒸发损失、渠床渗漏损失、闸门漏水以及渠道退水。这些都是渠道在输水过程中实际发生的水量损失，因此D选项是正确的。

综上所述，正确答案是D选项，因为它准确地列出了渠道输水损失的主要组成部分。