钢筋混凝土轴心受压柱，当纵向钢筋配筋率大于（）时，公式中混凝土面积应改用混凝土净截面面积。

解析：

这道题考察的是钢筋混凝土轴心受压柱在设计计算时的一个关键点，即当纵向钢筋的配筋率达到或超过某个特定值时，计算混凝土受压面积时应采用混凝土净截面面积，而非总截面面积。这是因为当钢筋配筋率较高时，钢筋对混凝土的约束作用增强，使得混凝土的实际受压性能与无钢筋或低配筋率时有所不同。

选项解析：

A.（A） 0.5%：此配筋率过低，一般不足以对混凝土的受压性能产生显著影响，故不是正确答案。
B.（B） 1%：虽然比0.5%高，但仍然不足以触发使用混凝土净截面面积的条件，故不是正确答案。
C.（C） 2%：此配筋率虽然较高，但在许多设计规范中，仍未达到使用混凝土净截面面积的标准，故不是正确答案。
D.（D） 3%：在许多国家和地区的水利工程或其他土木工程的设计规范中，当纵向钢筋的配筋率达到或超过3%时，通常会采用混凝土净截面面积来计算受压承载力。这是因为高配筋率下，钢筋对混凝土的约束作用显著，影响了混凝土的受压性能。因此，这个选项是正确的。

综上所述，正确答案是D.（D） 3%。