参证变量与设计断面径流量的相关系数愈大，说明两者在成因上的关系愈密切。

解析：

本题考察的是统计相关性与实际成因关系之间的理解。

首先，我们需要明确题目中的核心概念：

参证变量：通常指与某一目标变量（在此为设计断面径流量）可能有关联的其他变量，用于分析或预测目标变量的变化。
相关系数：用于量化两个变量之间线性关系的强度和方向，其值范围在-1到1之间。值越接近1或-1，表示两个变量之间的线性关系越强；值越接近0，表示线性关系越弱。

接下来，分析题目中的关键信息：

题目表述：“参证变量与设计断面径流量的相关系数愈大，说明两者在成因上的关系愈密切。”

现在，我们逐一分析选项：
A. 正确：这个选项假设了相关系数大就直接等同于成因关系密切，但这是一个误解。相关系数仅反映了两个变量之间的线性关系强度和方向，并不直接说明它们之间的成因关系。例如，两个变量可能都受到第三个未观察到的变量的影响，从而导致它们之间表现出高相关性，但并不意味着它们在成因上有直接联系。

B. 错误：这个选项指出了A选项中的逻辑错误。即，即使参证变量与设计断面径流量的相关系数很大，也不能直接断定两者在成因上关系密切。

因此，正确答案是B，因为相关系数大并不等同于成因关系密切，两者之间存在本质的区别。