CCBII制动机设置为本务/切入模式，单阀制动和自阀制动功能（）。

HXN5型内燃机车柴油机设有一个手动排水阀，两个自动排水阀。

由于HXN5型内燃机车柴油机启机前通常需要预润滑，为此在机车上添加了一台预润滑泵。

柴油机润滑油温度传感器（ELOT）测量的是柴油机入口润滑油温度。

HXN5型内燃机车柴油机曲轴箱内为负压，曲轴箱内压力低于大气压。

HXN5型内燃机车冷却水系统采用全封闭式加压循环形式。

HXN5型机车冷却单节分为两部分，子散热单节1，子散热单节2。

HXN5型内燃机车柴油机冷却水系统设有两个冷却水泵，通过流向阀控制冷却水流向。

HXN5型内燃机车牵引发电机的冷却方式为轴向强迫通风。

HXN5型内燃机车转向架中心销，作为转向架与车体间的一种连接装置，在传递纵向力的同时，还能限制转向架相对于车体有适当的横动和转动。

HXN5型内燃机车每台转向架有四只单元制动器，具有停放制动功能。