“三同时”是指建设项目的污染防治设施，应当与主体工程同时设计、同时施工、（ ）。

选项解析：

A. 同时投入生产和使用：正确选项。根据中国的环境保护法律法规，建设项目的污染防治设施需要与主体工程同时设计、同时施工、同时投入生产和使用，以确保环境污染得到有效控制。

B. 同时结算：不正确。结算通常指的是工程款项的支付，与污染防治设施的运行无直接关系。

C. 同时检修：不正确。检修通常指的是设施运行一段时间后的维护，而不是与设计、施工同步的工作。

D. 同时备案：不正确。备案可能是指将项目的某些信息报送给相关政府部门，但这并不是“三同时”原则中的内容。

选择A的原因： “三同时”原则是中国环境保护的一项基本制度，旨在确保建设项目在设计和建设阶段就考虑到环境保护措施，防止新污染源的产生。选项A“同时投入生产和使用”符合这一原则，确保污染防治设施与主体工程同步运作，有效控制环境污染。其他选项与“三同时”原则无关，因此不正确。