“三同时”是指建设项目的污染防治设施，应当与主体工程同时设计、同时施工、（ ）。

选项解析：

A. 同时投入生产和使用：正确选项。这个选项符合“三同时”原则，即污染防治设施不仅要与主体工程同时设计和施工，还要确保在主体工程投入生产和使用时，污染防治设施也能同步运作，保障环境不受污染。

B. 同时结算：这个选项与“三同时”原则无关。结算通常指的是工程款项的支付，而不是污染防治设施的功能性要求。

C. 同时检修：这个选项不符合“三同时”原则的要求。检修通常是指设施使用一段时间后进行的维护，而不是与设计和施工同时进行的活动。

D. 同时备案：备案是指将项目的相关资料提交给有关部门进行记录，这与“三同时”原则中强调的设计、施工和投入使用没有直接关系。

选择答案A的原因： “三同时”原则是建设项目环境管理的一个重要制度，旨在确保建设项目在设计和建设阶段就充分考虑到环境保护的要求，避免环境污染和生态破坏。选项A“同时投入生产和使用”恰好体现了这一原则的核心要求，即确保污染防治设施与主体工程同步运作，防止环境污染的发生。其他选项与这一原则无关或者不符合原则的要求。因此，正确答案是A。