违反《中华人民共和国档案法》和《中华人民共和国档案法实施办法》，造成档案损失的，由县级以上人民政府档案行政管理部门、有关主管部门（ ）。

这是一道关于法律责任判断的问题，我们需要分析在违反《中华人民共和国档案法》和《中华人民共和国档案法实施办法》，并造成档案损失的情况下，相关法律规定的责任追究方式。

首先，我们来审视题目中的关键信息：

违反的法律：《中华人民共和国档案法》和《中华人民共和国档案法实施办法》。
后果：造成档案损失。

接下来，我们分析各个选项：
A. 予以警告：虽然警告是一种常见的法律责任形式，但在此情境下，它并不直接解决档案损失的问题，更多的是一种预防性的措施或轻微的处罚。
B. 责令赔偿：这个选项直接针对了档案损失这一后果，要求责任方对损失进行赔偿，是合理的法律责任追究方式。
C. 予以罚款：罚款虽然是一种法律责任形式，但同样不直接解决档案的实际损失问题，且在此情境下，法律可能更侧重于损失的弥补而非单纯的惩罚。
D. 行政处分：这通常是对公务员或特定公职人员的内部纪律处分，与本题中提到的档案损失及责任追究的法律主体不完全对应。

综上所述，考虑到造成档案损失的严重后果，最直接且有效的法律责任追究方式是要求责任方赔偿损失。因此，正确答案是B.责令赔偿。