案例描述:一辆总质量限载25吨的三轴货车在收费站出口称重26吨,该车跨省通行并装有能正常使用的ETC设备,司机称其为绿通车辆,要求免费通行。收费员刷ETC卡显示金额为358元。(4)现场查验时,因二维码异常导致无法正常获取通行交易信息的,查验人员可通过()功能上报查验数据。

这是一道关于交通运输行业公路收费及监控员职业技能的问题，主要考察在特定情况下（如ETC设备交易信息异常）如何正确上报查验数据的操作流程。

首先，我们分析题目中的关键信息：

一辆总质量超重的三轴货车在收费站出口称重。
该车跨省通行并装有ETC设备，但刷ETC卡时显示需要支付金额。
司机称其为绿通车辆，但此信息与问题核心不直接相关。
重点是现场查验时，二维码异常导致无法正常获取通行交易信息。

接下来，我们逐一分析选项：
A. 手工登记查验信息：虽然手工登记是一种备选方案，但在现代信息化管理中，它通常不是首选，因为它可能增加错误和遗漏的风险，且效率较低。此外，题目中特别提到了“二维码异常导致无法正常获取通行交易信息”的情境，这更强调了需要一种快速、准确的电子上报方式。

B. 手机拍摄查验照片：拍摄照片可以作为证据保留，但它并不直接解决上报查验数据的问题。照片只是记录了查验的某一瞬间或状态，而不包含具体的查验数据和结果。

C. 预约平台小程序：预约平台小程序主要用于预约和管理绿通等特定车辆的信息，与现场查验数据上报无直接关联。此外，题目中并未提及预约平台小程序与查验数据上报的直接联系。

D. 查验APP应急查验：这个选项直接针对了题目中的核心问题——在二维码异常导致无法正常获取通行交易信息时，如何上报查验数据。查验APP通常具备多种功能，包括正常查验和应急查验。在应急情况下，如二维码无法识别，查验人员可以通过查验APP的应急查验功能来上报查验数据，确保数据的准确性和及时性。

综上所述，选择D选项“查验APP应急查验”是因为它直接解决了题目中提出的在二维码异常情况下如何上报查验数据的问题，且符合现代信息化管理的需求。