案例描述:2020年1月1日后,一车主驾驶一型货车因工作原因需要经常往返高速公路”A站”和”B站”,2019年使用ETC每次扣费3.80元,MTC每次收费4.00元;2020年之后使用ETC每次扣费4.19元,MTC每次收费依然4.00元。(4)收费站工作人员对司机解答正确的是()。

选项A解析：该选项表述的是高速公路短途用户ETC费用比MTC费用高，但案例中并没有提供足够的信息来支持这一点。ETC（电子不停车收费系统）和MTC（人工半自动收费系统）的收费标准和费用差异可能因路段、时间、车辆类型等多种因素而有所不同，并不一定与行程长短直接相关。

选项B解析：这个选项提到货车实交的通行费金额发生小额变化主要是由于计费精度提高造成的。从案例描述来看，2020年1月1日后，ETC每次扣费金额确实发生了变化，从3.80元提高到4.19元，这可能是由于计费系统精度的提升，更精确地反映了货车的实际通行费用。

选项C解析：费率的调整确实是由交通运输部会同发展改革委和财政部共同进行的，这一点是正确的，但这个选项并没有直接解释为什么ETC费用会发生变化，因此与问题关联性不强。

选项D解析：这个选项提到新标准反算吨位小于2018年和2019年的加权平均总质量，且至少50%以上频次车辆受益。虽然这可能是一个事实，但它并不解释ETC费用变化的原因，而且案例中没有提供足够的信息来支持这一点。

为什么选B：选项B直接解释了案例中提到的情况，即ETC费用发生变化的原因是由于计费精度的提高。这符合案例描述中提到的时间点（2020年1月1日后）以及ETC扣费金额的具体变化，因此B选项是最合理的答案。其他选项要么与问题关联性不强，要么没有提供足够的解释。