案例描述:2020年8月,一辆6型货车在安徽省高速公路出口下道时,驾驶员出示《新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控应急物资及人员运输车辆通行证》要求免费,当班班长查验后发现,该通行证与《安徽省交通运输厅关于做好新冠肺炎疫情防控常态化期间防控紧急物资运输保障工作的通知(皖交电〔2020〕16号)》文件中的《紧急运输通行证》式样不符,该车入口站为江西向塘站,与通行证上入口站不一致,且通行证上多处内容有修改痕迹,故认定其不符合免费条件。当班班长将查验结果告知驾驶员,要求驾驶员据实交费。根据以上材料,回答下列问题:(3)如果当班收费员对该车免费处理,可通过以下哪些内部稽核方式发现?()

本题考察的是高速公路收费管理中内部稽核方式的应用。

A项：发行稽核：这一稽核方式主要关注ETC卡、通行卡等发行过程中的合规性和准确性，与本题中车辆是否应免费通行的判断无直接关联。因此，A项不符合题意。

B项：收费行为稽核：这一稽核方式直接针对收费过程中的行为，包括收费员是否按照规定进行收费，是否存在违规免费或违规收费等情况。本题中，当班收费员若违规对该车进行免费处理，显然属于收费行为的不合规，因此可以通过收费行为稽核来发现。B项正确。

C项：运营管理稽核：运营管理稽核涉及对高速公路整体运营状况的监控和评估，包括收费政策的执行、车辆通行管理等。当班收费员违规免费放行车辆，显然违反了收费政策，属于运营管理的一部分，因此也可以通过运营管理稽核来发现。C项正确。

D项：收费差额分析：这一稽核方式主要关注收费金额与实际应收费用的差异，用于分析是否存在收费错误或漏收情况。本题中，虽然违规免费会导致收费差额，但收费差额分析并不直接针对单一车辆的免费行为，而是从总体上分析收费差异，因此不是最直接有效的稽核方式。D项错误。

E项：异常通行数据分析：虽然异常通行数据分析可能包括一些不符合常规通行模式的车辆数据，但本题中的情况（即车辆违规免费）并不直接构成通行数据上的异常（如超速、逆行等），因此异常通行数据分析可能无法有效发现此类问题。E项错误。

综上所述，正确答案是B和C。