各省(区、市)涉及新增、取消收费公路经营管理单位,或收费公路经营管理单位变更单位名称、纳税人识别号、开户行、开户行账号、主管税局、主管税局机构编码时,应早于变更内容生效前()个自然日向部联网中心备案,并配合完成收费公路通行费增值税发票开具相关涉税工作。

这道题考察的是对“第十三届全国交通运输行业公路收费及监控员职业技能竞赛”相关规定的理解，特别是关于收费公路经营管理单位信息变更时需提前向部联网中心备案的时间要求。

首先，我们逐一分析选项：

A. 3：这个选项提出的时间过短，对于需要协调多个部门和完成复杂税务工作的场景来说，3个自然日显然不足以完成所有必要的准备和备案工作。

B. 5：虽然比3天稍长，但同样不足以应对可能涉及的税务、财务、技术等多方面的变更和备案工作。

C. 30：这个选项提供了一个相对充裕的时间段，允许收费公路经营管理单位有足够的时间来处理信息变更、税务调整、技术对接等一系列工作，并确保在变更内容生效前完成所有必要的备案。

D. 60：虽然时间更长，但可能过于冗长，导致资源的不必要浪费。同时，也可能因为时间过长而增加变更过程中的不确定性和风险。

根据题目描述，“各省(区、市)涉及新增、取消收费公路经营管理单位，或收费公路经营管理单位变更单位名称、纳税人识别号、开户行、开户行账号、主管税局、主管税局机构编码时”，这些变更事项涉及多个重要环节，需要足够的时间来确保所有变更内容的准确性和完整性，并顺利过渡到新的税务和财务体系。因此，选择一个既不过短也不过长的时间段至关重要。

综上所述，C选项“30个自然日”既符合实际操作的需要，也符合题目中对于时间要求的描述。因此，正确答案是C。