对跨省绿通运输车辆原则上由()进行复核确认。

这是一道关于交通运输行业，特别是公路收费及监控员职业技能竞赛的题目。题目询问的是对跨省绿通运输车辆原则上应由谁进行复核确认。

首先，我们来分析各个选项：
A. 班长：仅指定班长进行复核确认，可能忽略了在某些情况下，班长可能不具备直接决策权或需要更高级别人员介入的情境。

B. 班长(含班长)以上：这个选项比A选项稍微宽泛了一些，但仍然没有涵盖到可能存在的特定权限人员，如监控中心人员或更高层管理人员。

C. 收费员：收费员主要负责日常收费工作，通常不具备对复杂情况进行复核确认的权限和能力。

D. 班长(含班长)以上或指定权限人员：这个选项最为全面，既考虑了班长及更高级别管理人员的参与，也考虑到了在特定情况下，可能需要有特定权限的人员（如监控中心人员）进行复核确认。这种设置更加灵活，能够适应不同情况和需求。

接下来，我们根据题目要求和选项内容进行推理：

跨省绿通运输车辆的复核确认是一个相对复杂且重要的过程，需要确保准确性和公正性。
仅由班长或收费员进行复核可能不足以应对所有情况，特别是在涉及政策解释、争议处理等复杂问题时。
引入“班长(含班长)以上”的概念，可以确保在必要时有更高级别的人员介入，但还需要考虑到特定情境下，可能需要有特定权限的人员进行复核。

因此，结合以上分析，我们可以得出结论：对跨省绿通运输车辆原则上应由“班长(含班长)以上或指定权限人员”进行复核确认，即选项D。这个选项既考虑了管理层级的合理性，又兼顾了特殊情境下的需求。