违反《收费公路管理条例》的规定,收费公路经营管理者未履行公路绿化和水土保持义务的,由()责令改正,并可以对原收费公路经营管理者处履行绿化、水土保持义务所需费用1倍至2倍的罚款。

本题考察的是对《收费公路管理条例》相关规定的理解。

首先，我们需要明确题目中的关键信息：收费公路经营管理者未履行公路绿化和水土保持义务，需要确定哪个机构有权对此进行处罚。

接下来，我们逐一分析选项：
A项：国务院交通主管部门。这一选项虽然级别较高，但通常不直接处理地方性的具体违规行为，而是负责制定宏观政策和指导方针，因此A项不符合题意。

B项：省人民政府。省人民政府虽然有权管理省内事务，但在交通管理领域，特别是针对收费公路的具体违规行为，其并非直接执法机构，故B项也不符合题意。

C项：省、自治区、直辖市人民政府交通主管部门。根据《收费公路管理条例》的相关规定，对于收费公路经营管理者的违规行为，如未履行公路绿化和水土保持义务，正是由省、自治区、直辖市人民政府交通主管部门负责责令改正，并有权进行罚款。这一选项与题目描述高度吻合，因此C项是正确答案。

D项：县级以上人民政府。这一选项范围过于宽泛，且县级以上人民政府并非专门负责交通管理的机构，对于收费公路的具体违规行为，其并非直接执法主体，故D项不符合题意。

综上所述，正确答案是C项：省、自治区、直辖市人民政府交通主管部门。