根据《公路法》规定:损坏、移动、涂改公路附属设施或者损坏、挪动建筑控制区的标桩、界桩,可能危及公路安全的。由()责令停止违法行为,可以处三万元以下的罚款。

选项解析：

A. 交通主管部门：这是负责公路交通管理的政府部门，有权对违反《公路法》的行为进行监管和处罚。

B. 人民政府：虽然人民政府具有广泛的行政管理权限，但具体到《公路法》的执行和监管，通常由专门的交通主管部门来负责。

C. 国务院：作为国家的最高行政机关，通常不直接参与具体的执法活动，而是负责制定相关的法律法规和政策。

D. 公路管理机构：虽然公路管理机构直接管理公路的日常事务，但《公路法》中的行政处罚权限通常归于交通主管部门。

为什么选这个答案：

答案选A，因为根据《公路法》的相关规定，对于损坏、移动、涂改公路附属设施或者损坏、挪动建筑控制区的标桩、界桩等违法行为，通常由交通主管部门来责令停止违法行为，并可以处以相应的罚款。交通主管部门具有行政执法的职能，是执行《公路法》的法定机构。因此，正确答案是A. 交通主管部门。