因发行服务机构原因出现大车小标、车种不符等情况造成通行费损失的应由发行服务机构()再由发行服务机构自行追缴漏收通行费。

这是一道关于公路收费及监控员职业技能的题目，主要考察在特定情况下（如大车小标、车种不符等），通行费损失的责任归属及处理流程。

首先，我们来分析题目和各个选项：

题目描述：因发行服务机构原因出现大车小标、车种不符等情况，导致通行费损失。
关键点：损失由发行服务机构原因造成，需要明确责任归属及处理方式。

接下来，分析各个选项：
A. 发起稽核工单：稽核工单通常用于对收费过程中的异常或疑问进行核查，但本题中已明确损失由发行服务机构造成，发起稽核工单并不能直接解决问题，故A选项不正确。

B. 先行垫付损失通行费：由于损失是由发行服务机构的原因造成的，因此由该机构先行垫付损失通行费是合理的解决方式。这既体现了责任承担，也保证了通行费的及时收缴，故B选项正确。

C. 发起追缴名单：追缴名单通常用于对逃费、漏费等行为的后续处理，但在此情况下，损失已明确由发行服务机构造成，无需再通过追缴名单来处理，故C选项不正确。

D. 上报省中心：上报省中心可能是问题处理流程中的一环，但在此情境下，直接由发行服务机构承担责任并先行垫付损失更为直接有效，上报省中心并非首要或必要步骤，故D选项不正确。

综上所述，因发行服务机构原因造成的通行费损失，应由该机构先行垫付损失通行费，再由其自行追缴漏收的通行费。这样既能确保通行费的及时收缴，又能明确责任归属，因此选择B选项“先行垫付损失通行费”是正确的。