收费公路经营单位应对稽核系统判定的”多次入口覆盖”车辆,进行()。

本题考察的是收费公路经营单位对“多次入口覆盖”车辆的处理流程。

选项A“全网拦截、追缴”：此选项虽然涉及到了拦截和追缴的行为，但“多次入口覆盖”车辆的情况可能并非恶意逃费，且全网拦截和直接追缴可能过于严厉，不符合实际情况中对不同情况应有所区分的处理原则。因此，A选项不是最佳答案。

选项B“重点标记、跟踪核查”：对于“多次入口覆盖”的车辆，首先进行重点标记以引起注意，然后通过跟踪核查来确认车辆的真实行驶路径和费用情况。这种处理方式既体现了对可能问题的重视，又保留了进一步核实的空间，符合实际工作中的操作流程。因此，B选项是正确答案。

选项C“重点标记、全网拦截”：与A选项类似，全网拦截可能过于严厉，且没有明确的后续处理措施（如追缴或核查），因此C选项不是最佳答案。

选项D“跟踪核查、发起外部工单”：虽然跟踪核查是必要的，但仅凭此就发起外部工单可能过于草率，因为外部工单通常涉及更复杂的协调和处理流程，应在充分核查后再决定是否发起。因此，D选项不是最直接的处理方式。

综上所述，正确答案是B：“重点标记、跟踪核查”。