ETC用户补费告知应由()电话、短信或公告等方式告知开户人、所有人或所属企业法人代表。告知内容包括:通行时间、路径、金额以及补交渠道。

这是一道关于ETC（电子不停车收费系统）用户补费告知流程的选择题。我们需要根据ETC用户补费告知的常规流程和职责划分来判断哪个选项是正确的。

首先，我们来分析题目中的关键信息：

问题是关于ETC用户补费告知的发起方。
告知方式包括电话、短信或公告等。
告知内容涉及通行时间、路径、金额以及补交渠道。

接下来，我们逐个分析选项：
A. 省级稽核管理单位：虽然稽核管理单位在ETC系统中扮演重要角色，负责监督和核查，但它们通常不直接负责用户补费的告知工作。这个选项更侧重于管理和监督层面，而非直接服务用户。

B. 收费公路经营管理单位：这些单位主要负责公路的收费和运营管理，但通常不直接处理用户补费的具体告知事务。它们更多地是执行收费政策和管理收费系统。

C. 部中心：这里可能指的是交通运输部的某个中心机构，但同样，这样的机构更多地是负责制定政策、指导工作和监管，而非直接处理用户补费的告知。

D. 发行服务机构：ETC发行服务机构是用户与ETC系统之间的桥梁，负责ETC卡的发行、管理、维护和客户服务等工作。因此，当ETC用户需要补费时，由发行服务机构通过电话、短信或公告等方式告知用户是合理且符合常规的。这样的安排可以确保用户及时了解到补费信息，并采取相应的补交措施。

综上所述，D选项“发行服务机构”是ETC用户补费告知的合适发起方，因为它直接与用户打交道，负责提供客户服务，包括补费告知等事项。

因此，答案是D。