收费公路车辆通行费车型分别按客车、货车和()三个系列分类。

选项解析：

A. 专项作业车：这是一种特殊类型的车辆，通常用于执行特定的作业任务，如道路施工、维修等。在收费公路系统中，专项作业车有其特定的收费标准。

B. 拯救车辆：通常指的是用于道路救援的车辆，如拖车。这类车辆在执行救援任务时可能会享受一定的通行费减免，但它们并不构成一个独立的车型分类。

C. 绿通车：通常指的是运输鲜活农产品的车辆，它们在一定的条件下可以享受通行费减免。然而，这也不是一个独立的车型分类。

D. 集装箱车辆：虽然集装箱车辆在运输业中是一个重要的分类，但在收费公路的车型分类中，它们通常被归类在货车系列中。

为什么选择A： 根据《收费公路车辆通行费车型分类》的规定，车辆通行费的分类是按照客车、货车和专项作业车三个系列来进行的。因此，专项作业车（选项A）是收费公路车辆通行费车型分类中的一个独立系列，而其他选项虽然可能享受通行费减免或优惠，但并不构成独立的车型分类。所以正确答案是A.专项作业车。