钢筋加工车间应设置安全防护棚，防护棚顶应设置（ ）层。

选项A：1层。这可能不足以提供充分的安全防护，因为一层结构可能无法有效抵挡坠落物的冲击。

选项B：2层。这个选项是正确的。根据相关安全规定，钢筋加工车间的防护棚顶通常应设置两层，这样可以增加防护结构的稳固性和安全性，有效防止坠落物造成伤害。

选项C：3层。虽然更多的层次可能提供更高的安全性，但根据规定和实际需要，两层已经足够，并且可以减少成本和施工难度。

选项D：4层。同选项C，四层防护可能超出实际需要，造成资源浪费。

为什么选这个答案：选择B是因为根据现行的安全标准和建筑行业的规定，两层防护棚顶可以提供必要的安全防护，防止钢筋等重物坠落时对下方工作人员造成伤害，同时兼顾了经济性和实用性。