某公安机关在办理行政案件中，以下证据先行登记保存的做法错误的有（）

根据《公安机关办理行政案件程序规定》以及相关法律法规，对于证据先行登记保存的规定如下： 1. **A选项**：办案民警在证据可能灭失的情况下，应立即报告办案部门负责人并经公安机关负责人批准，而非直接报请所长同意。因此，A选项中的做法是错误的。 2. **B选项**：先行登记保存的证据应当由办案人员妥善保管，并且应明确专人负责保管，而不是简单地交给内勤保管。因此，B选项中的做法也是错误的。 3. **C选项**：先行登记保存不是扣押，不应使用扣押物品清单。正确的做法是开具先行登记保存清单或通知书。所以C选项中的做法也是错误的。 4. **D选项**：如果证据持有人拒绝签名，办案民警应在清单上注明情况，这种做法符合规定，因此D选项中的做法正确。 综上所述，正确答案为：ABC。