李某将50元面额的人民币经过揭层加工后变为两张50元面额的人民币，并以此种方法制作了总面额4000元的人民币，后被查获。对于甲的行为下列说法正确的是（）

本题考察的是对变造货币罪、伪造货币罪、持有假币罪以及不构成犯罪情形的理解。

选项A，变造货币罪，是指对真币采用挖补、剪贴、揭层、拼凑、涂改等方法进行加工处理，改变货币的真实形状、图案、面值或张数，增大票面面额或增多票张数量，数额较大的行为。李某将50元面额的人民币经过揭层加工后变为两张50元面额的人民币，正是对真币进行加工处理，以改变其真实形状和面额，符合变造货币罪的构成要件。因此，A选项正确。

选项B，伪造货币罪，是指违反国家货币管理法规，仿照货币的形状、色彩、图案等特征，使用各种方法非法制造出外观上足以乱真的假货币，破坏货币的公共信用，破坏金融管理秩序的行为。李某的行为并非从无到有地制造假币，而是对真币进行加工改造，故不构成伪造货币罪。所以，B选项错误。

选项C，持有假币罪，是指明知是伪造的货币而故意持有或者使用，数额较大的行为。李某虽然制作了假币，但题目中并未提及他“持有”这些假币的行为，因此不能直接认定其构成持有假币罪。此外，由于变造货币罪已经足以评价李某的犯罪行为，根据禁止重复评价原则，也不应再将其行为认定为持有假币罪。故C选项错误。

选项D，李某的行为已经构成了变造货币罪，因此并非不构成犯罪。所以，D选项错误。

综上所述，正确答案是A。