上海铁路局关于公布《上海铁路局普速旅客列车“三乘检查”管理办法》的通知（上铁客〔2017〕396号）规定：对长途套用短途交路或者管内多趟短途交路套用的情况，原则上一整个乘务交路“三乘检查”次数不少于两次。

这是一道关于铁路规章制度理解的问题。首先，我们需要理解题目中的关键信息，再逐个分析选项，最后得出结论。

理解题目信息：
题目引用了上海铁路局的一个具体通知，即《上海铁路局普速旅客列车“三乘检查”管理办法》（上铁客〔2017〕396号）。
通知中的规定是：对于长途套用短途交路或者管内多趟短途交路套用的情况，原则上一整个乘务交路的“三乘检查”次数有所要求。
分析选项：
A选项（正确）：如果选择这个选项，即意味着原题中“原则上一整个乘务交路‘三乘检查’次数不少于两次”这一说法符合通知的规定。
B选项（错误）：如果选择这个选项，即表示原题中的这一说法与通知的规定不符。
对照规定：
根据通知内容，对于长途套用短途交路或多趟短途交路套用的情况，虽然“三乘检查”的次数是重要的安全检查环节，但具体次数并未在题干中引用的内容里明确为“不少于两次”。实际上，具体的检查次数可能由更详细的规定或实际操作指南来确定，而题干中的信息不足以支持A选项的断言。
得出结论：
由于题干信息未明确具体检查次数，且根据常识和铁路规章制度的灵活性，具体的检查频率可能因线路、列车类型、运营时间等多种因素而异。因此，不能断定“原则上一整个乘务交路‘三乘检查’次数不少于两次”这一说法绝对正确。

综上所述，选择B选项（错误）是合理的，因为它没有过度解读或假设通知中的具体规定。