已经实际飞行的航线应及时存档，并标注（ ）信息。

**解析：** 在无人机或航空作业的实际操作中，飞行数据的记录与管理至关重要。对于已经实际飞行的航线，及时存档是为了后续的数据分析、任务复盘以及合规性检查。 * **A. 区域坐标**：虽然航线本身由一系列坐标点组成，但“区域坐标”通常指代一个大的地理范围，而不是针对航线中特定需要关注部分的标注。 * **B. 任务区域**：这是飞行前规划的大致范围，存档时重点在于实际飞行的轨迹细节，而非重复标注宏观的任务区。 * **C. 特殊区段**：在实际飞行过程中，可能会遇到气流不稳定、信号干扰、障碍物接近或执行特定动作的路段。将这些**特殊区段**进行标注，有助于后续分析飞行质量、排查潜在风险或优化未来的飞行路径。这是飞行数据后处理中的关键步骤。 * **D. 警示区域**：通常指禁飞区或限制区，属于预先设定的地理围栏信息，而非对已飞行航线具体特征的标注。 因此，为了确保飞行数据的有效性和可追溯性，应对实际飞行航线中的**特殊区段**进行标注。 故正确答案为 **C**。